XIV əsrdə yaşamış məşhur coğrafiyaşünas və tarixçi Həmdullah Qəzvininin yazdığına görə, Zəngilanın əsası hicri tarixinin 15-ci ilində, yəni 636-cı (637) ildə qoyulub. Deməli, Zəngilanın təqribən 1400 ilə yaxın yaşı var.
1920-ci ilin 28 aprel işğalından sonra bolşeviklərin köməyi ilə qədim türk torpaqları hesabına ilk dövlətlərini quran ermənilər Zəngəzur qəzasını işğal etmişlər. Bu zaman bolşevik Rusiyasının təkidi ilə Zəngəzur Azərbaycanın əlindən alınaraq Ermənistana birləşdirilmişdir. Nəticədə, qəzanın yuxarı hissəsi Ermənistanın, Laçın, Qubadlı və Zəngilan bölgələri isə Azərbaycanın tərkibində qalmışdır.
Zəngilan rayonu 1930-cu ildə yaradılmışdır. Rayonun sahəsi 707 kvadrat kilometrdir, əhalisi 35 mindən çox idi.
Zəngilan rayonu 30 oktyabr 1993-cü ildə təcavüzkar Ermənistan tərəfindən işğal olunmuşdur.
Bu rayon Azərbaycanın çox zəngin bölgəsində yerləşir. Ərazinin coğrafi müxtəlifliyinin bariz nümunəsi turizm potensialına malik olmasında idi. Avropada misli olmayan Şərq çinarları, qoz və digər qiymətli ağaclar bu zonada yerləşirdi. Yaşı 500-ə, uzunluğu 12 kilometrə çatan çinar meşəliyi Bəsitçay qoruğunda idi. Bəsitçay qoruğu Azərbaycanın cənubi-qərbində işğal olunmuş Zəngilan ərazilərində Bəsitçayın dərəsində 1974-cü ildə yaradılmışdı. Qoruğun sahəsi 107 hektar idi.. Qoruqda yerləşən Şərq çinarı "Qırmızı Kitab"a daxil edilmişdi.
Zəngilan işğal edilərkən 1 şəhər, 5 qəsəbə və 83 kənddən ibarət idi. Rayonun sahəsi 730 kvadrat kilometr, əhalisi 45 mindən çox olub. İşğaldan sonra Zəngilan rayonunun əhalisi məcburi olaraq respublikanın 43 rayonunda müvəqqəti məskunlaşdı.
İşğal ərəfəsində rayon ərazisində onlarca milli və dini-tarixi abidə var idi: İmam Hüseyn məscidi (XVII əsr), Məscid (XIX əsr) – Malatkeşin kəndi, Məscid (XIX əsr) – Qırıq Muşlan kəndi, Məscid (XIX əsr) – Muşlan kəndi, Məscid (XIX əsr) – Rəzdərə kəndi, Alban kilsəsi – Xanazor və Yeməzli kəndləri. Ziyarətgahlar: Səkkizguşəli türbə (XIV əsr) – Məmmədbəyli kəndi, Ziya Baba ocağı – Ağkənd kəndi, Xanazur türbəsi – Bartaz kəndi, Xanazor piri – Bartaz yaxınlığında, Soltan Heydər piri – Bartaz dağında, Günqışlaq piri – Günqışlaq kəndi, İzzə piri – Hacıllı kəndi, Hacallı (Hacıallı) günbəzi – Hacıllı kəndi, Buqakar piri – Leyfaz kəndi, Məlikli Hacı Mir Məhəmməd ocağı – Məlikli kəndi, Veysin piri – Pirveyis kəndi, Seyid Musa ocağı – Sobu kəndi, Qaradağlı piri – Şəfibəyli kəndi, Yal piri – Vejnəli kəndi, Yel piri – Vejnəli kəndi, Soltan ocağı – Yeməzli kəndi, Şəhid Məhəmməd yeri – Yeməzli kəndi, Dəvəcüneyt piri – Zəngilan şəhəri, Məmməd bəyin türbəsi – Məmmədbəyli kəndi. Tarixi memarlıqabidələri: Şərifan abidələri (IX-XVI əsrlər) – Şərifan kəndi, Şəhri Şərifan yaşayış yeri (orta əsrlər) – Hacallı kəndi və s.
Təəssüflər olsun ki, bu qiymətli xəzinəmiz- maddi və tarixi abidələrimiz erməni işğalı dövründə düşmən tərəfindən məhv edildi.
Azərbaycan Silahlı Qüvvələri 2020-ci il oktyabrın 18-də Zəngilan rayonunun azad edilməsi uğrunda əməliyyata başladı. Zəngilan döyüşləri Sərhəd Qoşunlarının Komandanlığı altında aparıldı.
Oktyabrın 20-də Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev xalqa növbəti müraciəti zamanı Zəngilan rayonunun Havalı, Zərnəli, Məmmədbəyli, Həkəri, Şərifan, Birinci Muğanlı və Zəngilan şəhərinin işğaldan azad edildiyini elan etmişdir. Zəngilan döyüşləri nəticəsində Azərbaycan Silahları Qüvvələri tərəfindən Zəngilan şəhəri, rayonun 4 qəsəbəsi və 49 kəndi işğaldan azad edildi.
2020-ci il noyabrın 26-da "Zəngilanın azad edilməsi"medalı təsis edildi. Müzəffər Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin sərəncamları ilə Zəngilan rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılmış döyüş əməliyyatlarında iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirmiş Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin 6974 hərbi qulluqçusu “Zəngilanın azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunmuşdur.
2020-ci il dekabrın 23-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və birinci xanım Mehriban Əliyevanın işğaldan azad olunmuş Zəngilan rayonuna gəlişi və Müzəffər Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin Zəngilan şəhərində Azərbaycan bayrağının qaldırması xaqlmıza unudulmaz, qürur dolu anlar yaşatdı.
Qələbədən sonra Zəngilan rayonuna 3 səfər etmiş Prezident İlham Əliyev aparılan bütün bərpa və quruculuq işlərinə bilavasitə özü nəzarət edir. İşğaldan azad olunmuş rayonlarda icra olunan layihələr regionun sosial-iqtisadi inkişafında çox mühüm rol oynayacaqdır. Prezident İlham Əliyevin səfərləri onu göstərir ki, “Böyük Qayıdış” üçün bütün mövcud potensiallar səfərbər olunub. Zəngilan rayonunda bir neçə aydan sonra artıq birinci qrup keçmiş köçkünlər yerləşəcək
Artıq “Böyük Qayıdış”ın ilk addım səsləri eşididlir,- işğal dövründə ermənilərin dağıtdığı yurd yerlərimizin bərpası prosesi sürrətlə davam edir. İlk bərpa edilən kəndlər isə Zəngilanın 1-ci, 2-ci, 3-cü Ağalı kəndləri olacaq. Bu kəndlər “ağıllı” kənd pilot layihəsi çərçivəsində yenidən qurulacaq.Ərazidə ilk olaraq tam izolyasiya olunmuş və innovativ tikinti materiallarından istifadə olunmaqla 200 fərdi ev tikiləcək.
Azad edilmiş torpaqlarda enerji generasiya gücləri, ötürücü xətlərin yenidən qurulması sayəsində bitkiçilik, meyvəçilik, heyvandarlıq daha sürətlə inkişaf edəcək.
Horadiz-Zəngilan-Ağbənd dəmir yolunun inşası azad edilmiş torpaqlara həm vətəndaşların gəlməsi, həm də yüklərin daşınması üçün böyük əhəmiyyətə malik olacaq. Zəngilanda inşa olunacaq hava limanı bu bölgəni beynəlxalq nəqliyyat-logistika mərkəzinə çevirmək üçün imkanlar yaradacaq.
Vətən müharibəsinin sonunda Azərbaycan, Rusiya və Ermənistan rəhbərlərinin imzaladıqları birgə Bəyanatda Zəngəzur dəhlizinin açılması da müddəa kimi qeyd edilib. Dəhlizin açılması isə uzun illər blokadada olmuş Naxçıvan Muxtar Respublikasını bu şəraitdən çıxarmaqla yanaşı, xalqımızın 101 ildən sonra tarixi ərazisi olan qədim Zəngəzura yenidən qayıdışını təmin edəcək.
Zəngilanda həyata keçirilən önəmli layihələrindən biri Heydər Əliyev Fondu tərəfindən icra olunur,- Zəngilan məscidi bərpa edilir. İşğal dövründə ermənilər tərəfindən xalqımıza məxsus olan milli-mənəvi dəyərlərin erməniləşdirilməsinə cəhd göstərilib. Buna nail olmadıqda isə onları dağıdıb, təhqir ediblər.
Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin rəhbərliyi ilə Zəngilan şəhərinin işğaldan azad olunması ölkəmizin iqtisadi inkişafını daha da sürətləndirəcəkdir. İqtisadiyyatda tikinti sektorunun drayver roluna malik olduğunu nəzərə aldıqda, daxili tələbin qarşılanmasında Zəngilan rayon təbii sərvətləri əhəmiyyətli rol oynayacaq. Bundan əlavə, son illər mineral resurslarımızın ixracı qeyri-neft sektorunda lider mövqelərdə təmsil olunur. Rayonda sənaye əhəmiyyətli 6,5 ton qızıl və 3 min ton mis təşkil edən Vecnəli yatağından istifadə ilə ölkəmiz mineral resurslar ixracını daha da artıracaqdır.
Düşmən işğalından azad olunmuş Zəngilan rayonu Naxçıvan MR ilə ən yaxın quru sərhədimiz olmaqla yanaşı, həm də strateji mühümlüyünü qoruyub-saxlayır. Bu baxımdan, həm də nəticəyə gəlmək olar ki, Zəngilanın azad edilməsi ilə qonşu İranla bütün quru sərhədlərimiz bərpa edilir, iqtisadi, strateji və lojistik cəhətdən mühüm üstünlüklər qazanılır. Ən əsası isə, Zəngilanın azad edilməsi tarixi Zəngəzurumuzla tarixi sərhədlərimizi bərpa edir və bir sıra gələcək perspektivləri müəyyənləşdirir.